审计署的历史
香港自古以来就是中国的一部分，一八四零年鸦片战争後被英国占领。香港在相当早期已意识到需设有审计机关。审计署（一九九七年七月一日前称为核数署）是香港历史最悠久的政府部门之一。首任审计署署长早在一八四四年已经委出；至於现任署长林智远教授则在二零二二年七月出掌审计署，成为第25任署长。一九七一年十二月制定的《核数条例》（第122章）订明审计署署长的职责及权力。一九九七年七月一日，审计署依据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》成立，而审计署署长亦成为香港特别行政区(香港特区)主要官员之一。
一九九七年前的时代的重要发展
制定《核数条例》
《核数条例》在一九七一年十二月制定，是公共审计在香港发展的重要里程碑。《核数条例》规定审计署署长的委任、任期、职责及权力，并就政府帐目的审计和报告订定条文。根据该条例，审计署署长是政府帐目的审计师，享有广泛权力，可查阅政府部门的记录，也可要求任何公职人员作出解释，以及提供他认为执行职务所需的资料。在根据该条例执行职责和行使权力时，审计署署长毋须听命於任何人士或机构或受其控制。
成立政府帐目委员会
政府帐目委员会在一九七八年成立，是立法会的常设委员会，负责研究审计署署长就各项帐目及事宜（包括政府的帐目，以及委员会认为须提交立法会省览的其他帐目及与审计署署长履行职责有关的事宜）提交的报告书。政府帐目委员会的成立是公众问责在香港发展的重要里程碑。
衡工量值式审计工作準则
随着香港政府帐目审计工作的範围扩大至涵盖公帑管理的衡工量值事宜，政府帐目委员会与审计署署长双方在一九八六年议定了一套衡工量值式审计工作準则，这套準则已为政府接纳。政府帐目委员会主席亦在一九八六年十一月把这套準则提交立法会。衡工量值式审计工作準则的颁布，为公众问责在香港发展奠下另一个重要的里程碑。
一九九七年後的时代的重要发展
《基本法》及审计署的设立
一九九七年七月一日，香港成为中华人民共和国辖下的特别行政区。《基本法》第五十八条订明，香港特区设立审计署，独立工作，对行政长官负责。核数署遂由一九九七年七月一日起易名为审计署，核数署署长的职衔亦由同日起易名为审计署署长。
新的衡工量值式审计工作準则
一九九八年，政府帐目委员会主席向临时立法会提交一套修订的衡工量值式审计工作準则。这套新準则由政府帐目委员会与审计署署长双方议定，并已为香港特区政府接纳。
由一九九七年七月一日至今的审计署署长如下:
| 1 | 陈彦达, SBS | 1997 至 2003 年 |
| 2 | 邓国斌, GBS | 2003 至 2012 年 |
| 3 | 孙德基, GBS, JP | 2012 至 2018 年 |
| 4 | 朱乃璋, GBS, JP | 2018 至 2022 年 | 5 | 林智远教授, JP | 2022 年 至 今 |