審計署的歷史
香港自古以來就是中國的一部分，一八四零年鴉片戰爭後被英國佔領。香港在相當早期已意識到需設有審計機關。審計署（一九九七年七月一日前稱為核數署）是香港歷史最悠久的政府部門之一。首任審計署署長早在一八四四年已經委出；至於現任署長林智遠教授則在二零二二年七月出掌審計署，成為第25任署長。一九七一年十二月制定的《核數條例》（第122章）訂明審計署署長的職責及權力。一九九七年七月一日，審計署依據《中華人民共和國香港特別行政區基本法》成立，而審計署署長亦成為香港特別行政區(香港特區)主要官員之一。
一九九七年前的時代的重要發展
制定《核數條例》
《核數條例》在一九七一年十二月制定，是公共審計在香港發展的重要里程碑。《核數條例》規定審計署署長的委任、任期、職責及權力，並就政府帳目的審計和報告訂定條文。根據該條例，審計署署長是政府帳目的審計師，享有廣泛權力，可查閱政府部門的記錄，也可要求任何公職人員作出解釋，以及提供他認為執行職務所需的資料。在根據該條例執行職責和行使權力時，審計署署長毋須聽命於任何人士或機構或受其控制。
成立政府帳目委員會
政府帳目委員會在一九七八年成立，是立法會的常設委員會，負責研究審計署署長就各項帳目及事宜（包括政府的帳目，以及委員會認為須提交立法會省覽的其他帳目及與審計署署長履行職責有關的事宜）提交的報告書。政府帳目委員會的成立是公眾問責在香港發展的重要里程碑。
衡工量值式審計工作準則
隨着香港政府帳目審計工作的範圍擴大至涵蓋公帑管理的衡工量值事宜，政府帳目委員會與審計署署長雙方在一九八六年議定了一套衡工量值式審計工作準則，這套準則已為政府接納。政府帳目委員會主席亦在一九八六年十一月把這套準則提交立法會。衡工量值式審計工作準則的頒布，為公眾問責在香港發展奠下另一個重要的里程碑。
一九九七年後的時代的重要發展
《基本法》及審計署的設立
一九九七年七月一日，香港成為中華人民共和國轄下的特別行政區。《基本法》第五十八條訂明，香港特區設立審計署，獨立工作，對行政長官負責。核數署遂由一九九七年七月一日起易名為審計署，核數署署長的職銜亦由同日起易名為審計署署長。
新的衡工量值式審計工作準則
一九九八年，政府帳目委員會主席向臨時立法會提交一套修訂的衡工量值式審計工作準則。這套新準則由政府帳目委員會與審計署署長雙方議定，並已為香港特區政府接納。
由一九九七年七月一日至今的審計署署長如下:
| 1 | 陳彥達, SBS | 1997 至 2003 年 |
| 2 | 鄧國斌, GBS | 2003 至 2012 年 |
| 3 | 孫德基, GBS, JP | 2012 至 2018 年 |
| 4 | 朱乃璋, GBS, JP | 2018 至 2022 年 | 5 | 林智遠教授, JP | 2022 年 至 今 |